建立生态补偿机制是全面深入贯彻落实科学发展观的具体体现，是加大生态环境保护力度，加快生态文明建设，统筹区域协调发展，实现“两个率先”的有效举措。自2010年苏州市实施生态补偿政策以来，太湖、阳澄湖和澄湖沿线百余个湿地村的湿地保护责任心进一步增强，积极性充分调动，湿地得到有效保护。为进一步优化生态补偿政策，完善生态补偿机制，增强生态保护重点地区镇、村保护生态环境的能力，苏州市委、市政府于2013年3月再次出台《关于调整完善生态补偿政策的意见》，对生态补偿政策作出调整和完善。
其中，对于湿地村的生态补偿，采取分类、分档的办法，细化、提高湿地村的生态补偿标准，综合考虑湖岸线长度、土地面积及村常住人口等因素，对湿地村从原来的每村50万元，调整为按每村60万元、80万元、100万元三个档次进行补偿，改变了原来不分村域大小的单一标准补偿模式，实现了全市湿地村生态补偿标准分类分档全面提升。目前，经过初步审核，2013年全市95个生态湿地村中，符合100万补偿标准的湿地村有13个，占总数的13.7%；符合80万标准的湿地村有58个，占总数的61.1%；符合60万的湿地村有24个，占总数的25.2%。全市市级湿地生态补偿资金预计达7380万元，较去年的4800万提高了54%。
生态补偿标准的提高，给沿太湖和阳澄湖的湿地村带来了更多“甜头”，也进一步提高了他们保护湿地的积极性。比如，位于太湖边的临湖镇陆舍村，为了保护太湖环境及水质而失去了发展经济的机会，年财政收入在200万以下，是当地的“薄弱村”、“扶贫村”。自2010年实施生态补偿以来，陆舍村已连续三年得到了50万元的湿地村生态补偿资金，并将资金主要用于河道清理、支付村庄保洁人员工资和建污水管网。今年生态补偿政策调整后，陆舍村的湿地村生态补偿资金也实现了提档，由原先的每年50万元升级为60万元，加上人工湿地水稻田的生态补偿，2013年陆舍村将得到政府近200万元的生态补偿资金。